焚化廠之廢水依其來源及性質可分為高濃度有機廢水(垃圾貯坑)、無機廢水(灰燼貯坑、底渣推出器、鍋爐排放、純水處理、地面清洗及實驗室排水等)和有機廢水(員工生活及洗車廢水等)：

1.其中高濃度有機廢水 經過濾器去除其間之固體顆粒雜質後，以泵浦噴入焚化爐中焚化處理

2.無機廢水主要是經過化學/物理處理系統，過程中包括細篩機、除油機、調整池、pH調整、快速混合、凝結、初沉池、沙濾槽、螯合劑樹脂塔之後，本系統排放水還必須經過生物處理系統去除其他有機污染物。本過程中所產生的污泥必須送污泥處理系統作進一步處理。

3.有機廢水主要是經過生物處理系統，本系統過程包括欄污柵、除油機、調整池、生物處理設備、二次沉澱、pH調整、快速混合、凝結、最後沉澱、中和、沙濾槽及殺菌等，而經過殺菌之後的放流水，再經由泵浦輸送至廠內使用，完全零排放。本過程中所產生的污泥必須送污泥處理系統作進一步處理。